Pinnan sijainnin tunnistaminen
Kun pinnasta mitataan kokeellisesti konsentraatioiden syvyysprofiili, mitataan kerrosten paikkoja suhteessa pintaan. Tämä simulaatio kuitenkin toimii atomien absoluuttisilla sijainneilla, ja eri simulaatioissa pinta on eri kohdassa. Tämän takia useasta simulaatiosta yhdistetty syvyysprofiili saattaa näyttää erilaiselta kuin kokeellisesti mitattu syvyysprofiili. Usean simulaation pintojen linjaaminen saattaa kuitenkin olla erittäin hankalaa.
Pinnan sijainnin voisi asettaa alkamaan vaikka kohdasta, joka on yli 80% täytetty. Vaihtoehtoinen kohta voisi olla vakanssien maksimikohta.